Détermination des SNP et valeurs d'élevage

Comment les SNP sont-ils déterminés en laboratoire?

Pour effectuer les analyses en laboratoire, les spécialistes ont recours à des puces SNP. En ce moment, la puce standard pour les bovins (races laitières) s’appelle Illumina ® BovineSNP50 BeadChip; elle permet d’analyser douze différents échantillons en même temps, en déterminant plus de 54'000 SNPs pour chacun d’eux.  Illumina a développé d'autres puces SNP, celles avec initialement 3'000 et maintenant 6'000 SNP "Low Density Chip" (également appelée LD-Chip) et celles avec plus de 777'000 SNP "High Density Chip" (également appelée HD-Chip). S'y ajoutent d'autres puces produites sur demande de GeneSeek® de Neogen (Genomic Profiler™ Dairy-LD avec presque 10'000 SNP et Genomic Profiler™ for Dairy-HD avec plus de 78'000 SNP), qui en plus des SNP pour l'estimation des valeurs d'élevage offrent des tests de tares héréditaires (par ex. SMA, Weaver, BLAD, CVM) et quelques tests pour des caractères héréditaires monogènes (par ex. facteur rouge, kappa caséine, absence de cornes pour certaines races).  Les génotypes obtenus avec les puces basse densité (LD-Chips) peuvent être extrapolés à une densité plus élevée (Standard-Chip et même HD-Chip).

Des SNPs aux valeurs d’élevage

La majorité des SNPs, tels qu’ils sont déterminés en laboratoire, n’expriment pas encore le potentiel héréditaire d’un animal. C’est n’est qu’à partir d’animaux avec des profils héréditaires bien connus (à savoir les taureaux testés) et des méthodes statistiques élaborées qu’il est possible de mettre en évidence les relations entre leurs SNPs et les caractéristiques qui nous intéressent. Pour mettre en place tout un système, il faut de très nombreux taureaux testés, très probablement plus de mille; plus il y en a, mieux c’est. Les vaches qui ont des valeurs d'élevage sûres peuvent également apporter leur contribution.
Une fois que ces relations sont déterminées, il est possible d’estimer des valeurs d’élevage pour les jeunes animaux, sur la base des analyses des SNPs et des valeurs d’élevage des parents, valeurs qui ont une nettement plus grande sécurité que les valeurs projetées sur la base de l’ascendance. La fiabilité effective des valeurs d’élevage génomiques dépendra de la précision avec laquelle les relations entre les SNPs et les valeurs d’élevage auront pu être estimées d’une part et de l’héritabilité du caractère en question d’autre part. 
Quelle est la sécurité des valeurs d’élevage génomiques optimisées (VEGO) en comparaison avec les valeurs d’élevage traditionnelles (VE)? Différentes études ont été faites à ce propos, telle que celle de Van Doormaal (2009) chez la population Holstein canadienne pour une série de caractères choisis: 
Sécurité des valeurs d’élevage (coefficient de détermination, S%) Holstein Canada (Van Doormaal, 2009)

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La prise en compte des informations livrées par les SNPs apporte une amélioration de la sécurité par rapport à la méthode traditionnelle, notamment pour les veaux. Mais, les vaches aussi peuvent être évaluées avec une meilleure sécurité que sur la simple base de leur ascendance et de leurs propres performances. Par contre, l’amélioration potentielle de la sécurité est minime pour les taureaux testés dans le propre pays.